Antes conocido como trasplante de medula ósea, dado por el lugar desde donde se recolectaban las células progenitora hematopoyéticas,  es el indicado para pacientes con cáncer y enfermedades hematológicas, a quienes, por indicación terapéutica, requieren de este tratamiento.

El Instituto de Salud Pública, dado la experticia técnica, apoya la gestión de este tipo de trasplante, mediante el desarrollo de los exámenes de compatibilidad que centros públicos y privados solicitan. Es preciso señalar que la gestión de pacientes beneficiarios del sistema público que requieren trasplante de progenitores hematopoyéticos radica exclusivamente en el MINSAL y en los centros hospitalarios definidos como referencia para tal efecto.