El Área de Alimentos y Nutrición tiene la función de coordinar la implementación de las directrices estratégicas y de calidad en los procesos a su cargo, siguiendo los principios de las normas de calidad implementadas.  Está compuesto por las Secciones de Química de Alimentos y Microbiología de Alimentos con las cuales desarrolla diferentes actividades relacionadas al ámbito alimentario.

Actúa como laboratorio nacional y de referencia en el área alimentaria para los laboratorios de la red, públicos y privados. Realiza ensayos químicos, microbiológicos y toxicológicos en muestras de matrices alimentaria y otras de interés para evaluar la exposición en salud.

Presta apoyo a requerimientos solicitados por Ministerio de Salud (MINSAL), Secretarías Regionales Ministeriales de Salud (Seremis), Agencia Chilena para la Inocuidad y Calidad Alimentaria (Achipia), Servicio Nacional del Consumidor (Sernac) u otras autoridades del país.